Dos enormes altares-relicarios, pintados por Federico Zuccaro, acumulan más de siete mil reliquias de santos y santas que proceden de distintas partes del mundo.Las reliquias de esta colección, la mayor del mundo en su época, fueron reunidas por Felipe II con su correspondiente certificado de autenticidad, entregado por obispos y priores. En el monasterio se hallaron reliquias de todos los santos con excepción de tres: San José, San Juan Evangelista y Santiago el Mayor.
En el Patio de los Reyes, donde se halla la última piedra del recinto colocada el 13 septiembre de 1584, sobresalen las estatuas de los seis monarcas de la tribu de Judea: David, Salomon, Ezequías, Josías, Josafat y Manases. La fecha no deja de ser curiosa porque también un 13 de septiembre, pero de 1598, fallecía Felipe II tras una larga enfermedad.
Gran parte del interés de Felipe II por la alquimia se basaba en el intento de recuperar su maltrecha salud y no tanto, como se ha dicho, por buscar la «piedra filosofal». Es por este motivo que la gran biblioteca del monasterio reúne toda clase de tratados relacionados con la alquimia, la magia y la astrología. Estos libros fueron catalogados como «prohibidos» y alguno de ellos como «Della Física», del alquimista boloñés Leonardo Fioravanti, estaba dedicado personalmente al monarca.
Se cuenta que coincidiendo con el arranque de las obras del monasterio un perro negro se paseaba habitualmente por el lugar, unos monjes escucharon unos aullidos estremecedores.
Enterado Felipe II, el monarca quiso acabar con la vida del perro colgándolo en una de las ventanas del convento. Veintiún años después, cuando «el rey de negro» agonizaba, preguntó por el perro en cuestión, asegurando al religioso que había vuelto a ver al animal. Algunos interpretaron el suceso pensando que el monarca asociaba, quizás, al perro negro con la muerte.
Otra curiosidad del monasterio. Se trata de una pequeña sala oscura y sin ningún ornamento que encontramos después de visitar el panteón de Infantes en la parte oeste del edificio. Juan de Herrera consiguió que dos personas colocadas en ángulos opuestos pudieran conversar, sin chillar y con enorme claridad, mientras que los que estaban en medio no oían nada.
Aunque para muchos es un lugar espeluznante y poco conocido, el Pudridero Real encierra toda una historia llena de misterios. Para empezar solo son los agustinos los que pueden acceder a este espacio próximo al Panteón Real. El espacio, de unos 16 metros cuadrados, es vigilado por unos 50 frailes de la comunidad agustina que vive en el monasterio desde 1885. Nadie más puede entrar en el habitáculo.
