Indicios arqueológicos en la comarca cercana a Alcañices muestran que existió una población romana asentada por los lugares debido a la existencia de conducciones de agua realizadas por ellos. Además por Aliste cruza una calzada romana que se denomina Camino Morisco.Se tiene referencias de que en el año 1210 Alcañices era ya una especie de población fortificada y que pertenecía a la orden de los templarios.
La villa es conocida históricamente por la firma del Tratado de Alcañices que tuvo lugar el 12 de septiembre de 1297 para fijar lo que será una de las fronteras más antiguas de Europa entre España y Portugal. Los firmantes son Fernando IV de Castilla y Dionisio I de Portugal.
Durante los siglos XVI y XVII, la villa se convierte en el marquesado de Alcañices. En este periodo se edifica el Convento y la iglesia de los Franciscanos y se reconstruye parte de la antigua muralla.
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