Es durante esta época(714 -1231) que el castillo comenzaría a adquirir una mayor importancia, como centro de un extenso territorio. De este período se pueden destacar las dos batallas que Rodrigo Díaz de Vivar, el Cid Campeador, libró en el área de Morella cuando estaba al servicio del rey musulmán de Zaragoza, a finales del s. XI, una contra el rey musulmán de Lérida y el otra contra el conde cristiano de Barcelona.Morella pasó a manos cristianas la segunda quincena de octubre de 1231.
Hay dos puntos importantes para poder comprender en toda su magnitud la importancia histórica de Morella. Por una parte, Morella está situada en el centro geográfico de los estados peninsulares de la Corona de Aragón, en la frontera entre Cataluña, Aragón y Valencia, y bastante cerca de Mallorca. Por otra parte, Morella siempre será del rey, a partir de 1250, pero todas las comarcas vecinas son de las poderosas órdenes militares (hospitalarios, templarios, calatravos, montesanos...) y es el único lugar de realengo en muchos kilómetros a la redonda.
Se trata de una sociedad urbana con una amplia representación gremial: orfebres, plateros, escultores, tejedores... En aquellos tiempos podemos encontrar comerciantes morellanos en la Atenas dominada por los almogávares o una expedición marítima del Baile de Morella para conquistar el norte de África en 1510. También había una pequeña comunidad judía que tenía los mismos derechos que los de la ciudad de Valencia, por concesión de Jaime I en 1264.
En este núcleo comercial lleno de vida que comerciaba lana con Italia, se escondía el último anciano cátaro, Guilhem Belibasta, que había huido de la Inquisición de Occitania y vivió en Morella trabajando de cestero, dirigiendo una comunidad de fieles que alcanzaba lugares tan distantes como San Mateo, Beceite y Lérida, a los que visitaba con la excusa de comprar y vender género o aprovechando los movimientos de ganado, que recorrían las rutas trashumantes que aún se usan hoy en día.Con la excusa de que había una personamuy enferma que necesitaba su asistencia espiritual, le engañaron para que regresara a los Pirineos, donde le detuvieron. Murió en la hoguera en 1321.
Durante la guerra de Sucesión, las autoridades morellanas permanecieron en el bando borbónico, excepto dos ocupaciones austriacistas, una más larga antes de la batalla de Almansa (1706-1707) y una más corta en las Navidades de 1710-1711, que se saldó con la destrucción del barrio de San Miguel. Después de las bombas felipistas, Morella llegó al mínimo histórico de población, con tan sólo 1800 habitantes pero, asombrosamente, aquella Morella debilitada no sólo reconstruyó la ciudad, sino que se permitió el lujo de encargarle a Francesc Turull el órgano (1719) de la iglesia arciprestal, templo que en 1700 se había agregado a la Basílica de San Juan de Letrán
Uno de los episodios más decisivos de la historia de Morella es la primera guerra carlista.El gobernador de Morella y el barón de Herbers proclamaron rey a Carlos V de Borbón en noviembre de 1833 pero el pronunciamiento no duró mucho. Más tarde, sin embargo, y durante un período de dos años (1838-40), resistió un pequeño estado independiente bajo la autoridad del general Ramon Cabrera
El último día de 1874 se proclamó rey Alfonso XII, y poco tiempo después (1878)concedió a Morella el título de Ciudad por sus méritos liberales en la tercera guerra carlista. En el cambio de siglo Morella alcanza el máximo de población, con 7335 habitantes, pero ya en aquellos años mucha gente emigra al textil catalán.
En los años 60 y 70 se produce la última gran oleada migratoria y el declive definitivo de la ciudad, que incluso perderá el partido judicial el año 1969. El año 1965 se declaró todo el recinto amurallado Conjunto Histórico-Artístico.
