Los primeros documentos en que se hace referencia a Irache datan del año 958. Su situación al borde del camino de Santiago y la fundación de un hospital jacobeo, el primero de Navarra, por orden del rey del reino de Pamplona Najera, Garcia Sanchez III, el de Nájera, le dio gran relevancia a principios del siglo XI.
En el siglo XVI se incorpora a la congregación benedictina de Valladolid con lo que vuelve a retomar parte de su antiguo esplendor, es entonces cuando se construye el claustro y su puerta de acceso desde la iglesia. En el siglo XVII se construyó otro claustro, el llamado nuevo, y la torre.
Ha tenido diferentes usos en su larga historia, desde hospital jacobeo hasta parador, después de quedar libre en 1985 siendo universidad entre 1569 y 1824 y hospital de sangre durante las guerras carlistas para pasar a ser colegio religioso
La iglesia, construida en el siglo XII sobre otra anterior, es de cabecera romanica y cuerpo cisterciense. Con planta en cruz latina tiene tres naves de tres tramos, siendo la central de doble anchura que las laterales, y un ábside triple semicircular. Las obras de este templo se debieron prolongar hasta entrado el siglo XIII lo que explica la influencia cirtencienses inspirada en Santo Domingo de la Calzada.
Irache posee dos claustros, uno el viejo ubicado en la parte sur y el nuevo en la parte oeste.El claustro viejo está comunicado con la iglesia por la puerta Preciosa. Es una construcción plateresca del siglo XVI obra de Martín de Oyarzábal. La puerta Preciosa, realizada al mismo tiempo, se debe a Juan de Aguirre.Construido en el siglo XVII se dividió por una edificación en el siglo XIX obteniendo dos patios, uno cuadrado y otro rectangular.
Las primeras noticias documentadas sobre el monasterio de Irache datan de 958. Se cree que pudo ser fundado por Sancho Garces I en 908 después de que conquistara el castillo de Monjardin, antes castillo de San Esteban.Durante el siglo XI adquiere gran relevancia adquiriendo grandes posesiones mediante donaciones y adquisición de otros monasterios a su autoridad. Su ubicación, en pleno Camino de Santiago, y el en centro del reino de Pamplona Nájera le favorecen en su importancia.