El rey García era muy devoto de San Millán. Como acababa de fundar el gran monasterio de Santa María la Real de Nájera en esta ciudad que era Corte del reino, quiso llevarse allí los restos mortales del Santo, que estaban enterrados en el monasterio de San Millán de Suso. El 29 de mayo de 1053[1] colocaron los restos del Santo en una carreta tirada por bueyes y así emprendieron el viaje, con gran descontento de los monjes que allí quedaban desolados por la pérdida de su patrono. Cuando llegaron al llano, cerca del río, los bueyes se detuvieron y ya no quisieron volver a andar; no hubo forma de obligarles. El rey y toda la comitiva comprendieron que aquello era un milagro, que San Millán estaba imponiendo su voluntad de no pasar de allí y ser enterrado de nuevo en aquellos lugares. Fue entonces cuando el rey mandó construir el reciente monasterio, al que se llamó Yuso (abajo), en contraposición con el de arriba (Suso).
El monasterio fue construido en estilo románico, como correspondía a la época. Es demolido en su totalidad y reconstruido en el siglo XVI, en estilo herreriano, de los siglos XVII y XVIII.Se accede al interior por una puerta barroca del siglo XVII que lleva columnas corintias y un relieve de San Millán a caballo. Es obra del arquitecto Pablo de Basave y del escultor Diego de Lizarraga.
La sacristía es de las más bellas de España. En un principio fue la sala capitular. Arquitectónicamente es del s. XVI. Empieza a usarse como sacristía a finales del siglo XVII, época de la que es casi toda la pintura que podemos contemplar. Los frescos del techo y las mesas centrales son del XVIII. El abad Fray José Fernández (1693-1697) la adorna con doce cobres que están sobre la cajonería de nogal. La colección de cobres se completa hasta llegar a los veinticuatro. La enriquece también con cuatro grandes lienzos que traen desde Nápoles. El retablo, barroco, está presidido por una talla de Nuestra Sra. Reina de los Ángeles con cetro y corona.
Una lengua no nace en un lugar ni en un momento concreto, pero es en el monasterio de San Millán en el siglo XI cuando un monje tiene conscientemente el atrevimiento de poner por escrito palabras y frases de esa lengua del pueblo. Nadie lo había hecho antes con una intención literaria. Son las Glosas Emilianenses. En el mismo códice encontramos también las primeras palabras escritas en vascuence. Por esta razón San Millán de Yuso celebra en 1977 el Milenario de la Lengua, y desde entonces se le conoce con el nombre de «Cuna de la Lengua». En el Salón de los Reyes se encuentran las lápidas conmemorativas del milenario de la lengua castellana y vasca, así como una reproducción facsímil del Códice 60.Tiene el monasterio también una importante biblioteca de Cantorales del siglo XVII. Unos 30 libros gigantes, pesan entre 40 y 60 kg, hechos a mano a lo largo de cuatro años de trabajo y en el que se utilizaron la piel (pergamino) de unas 2000 vacas.
Más o menos a las seis y cuarto de la tarde en el monasterio de Yuso se puede ver sobre el cuerpo central del templo un círculo perfecto de luz solar. Dura apenas unos minutos. El rayo de luz entra por el rosetón de la parte trasera de la iglesia, pasa por el círculo que corona el trascoro y da en el centro geométrico de la iglesia. Marca así el eje de la iglesia y, por tanto, la perfecta orientación de la cabecera hacia el este. Este fenómeno, además de su significado matemático, tiene otros a nivel mistérico.
En el Monasterio de San Millán de Yuso se firmó el 8 de mayo de 1981 el Estatuto de Autonomía de La Rioja, o también llamado «Estatuto de San Millán».El 4 de diciembre de 1997 los monasterios de San Millán, Suso y Yuso, fueron declarados Patrimonio de la Humanidad en Europa.
